kaz805さん
こんにちは。
InDesign CCを体験しよう -EPUB書き出しの大幅な機能向上と設定の同期 | Adobe Design Magazine
上記を見る限り、以前はEPUBでもハイパーリンクが使用できなかったようですが最近のバージョンになって出来るようになったようですね。
（恐らく倶利伽羅さんの貼ってくれたものは「HTML書き出し」について可否を言っているものかと思われます）
ちなみにどんなハイパーリンクを設定されているのでしょうか？（ページ内移動なのか？Webページのリンクへ飛ぶリンクなのか等…）
また、ビューワーは何で見てらっしゃいますでしょうか？
私もちょっとやってみます！